1：マイクロアレイ受託解析サービスに関するQ&A
2：データマイニング受託解析に関するQ&A
3：モノクローナル抗体に関するQ&A
4：DNAシーケンス受託解析サービスに関するQ&A
| Q： |
TRIzolのみで精製したRNAで実験をしていますが、カラム精製は必要ですか？ |
| A： |
マイクロアレイ解析は有機溶媒の残存などが通常のRT-PCR解析に比べて大きく影響します。サンプル量が十分にある場合には、エタノール沈澱法や市販のカラム式精製Kitでの精製をおすすめします。 |
| Q： |
植物のサンプルの場合は多糖類が多く残ってしまいますがいい方法はないですか？ |
| A： |
植物由来RNAサンプル調整にはRNeasy Plant Mini Kit (QIAGEN)をおすすめします。この際、Midi KitやMaxi Kitを使用せず、Mini Kitにてこまめにお取りいただくことで、より精製度の高いサンプルをお取りいただけます。 |
| Q： |
サンプル送付時のドライアイスはどのくらい入れたらいいですか？ |
| A： |
5kg程度ご用意いただいております。輸送中の事故を防ぐために、サンプルの入ったチューブは蓋をフィルムで覆うなどして送付してください。 |
| Q： |
Pathway情報はどのようにすれば手に入るのですか？ |
| A： |
ヒトのExpressionアレイ解析の場合、GenMAPPの情報とGPCRDBの情報につきましては標準で提供いたしております。マウスのPathway情報につきましては依頼書･アプリケーションデータ･取扱説明書 ダウンロードに一例を掲載しております。 |
| Q： |
特定の遺伝子の変動を見たいのですが？ |
| A： |
Gnene Ontology Consortiumが公開しているオントロジーに基づいた分類をされた遺伝子のリスト、さらにAgilent社が独自に分類した遺伝子リストを標準で提供いたしております。
これらのリストごとの遺伝子の発現変動は、GeneSpring GXやGneSpring GX Workgroup Viewerで閲覧・ダウンロードいただけます。Gene Listの一例を依頼書･アプリケーションデータ･取扱説明書 ダウンロードに掲載しております。 |
| Q： |
GeneSpring GXを持っているのですが、genomeファイルをもらえますか？ |
| A： |
解析結果のgenomeファイルはCDに焼いて送付させていただきます。 |
| Q： |
genomeファイルとは何ですか？ |
| A： |
GeneSpring GXにてデータ解析を行う際に使用する単位フォルダを指します。同一の括りで解析できるアレイのデータについては同一"genome"にデータがありますが、アレイのメーカーが異なるなど、異なる"genome"を作成する必要がある場合があります。 |
| Q： |
異なるメーカーのアレイ解析結果は比較することができないのですか？ |
| A： |
メーカーごとにアレイ上のプローブ配列や長さ、解析手法が異なりますので、全く同じものとして扱うことはできません。しかし、同一IDの遺伝子がA社のアレイとB社のアレイに搭載されていた場合、GeneSpring GXもしくはGneSpring GX Workgroupサーバシステムを用いることで両社のアレイで検出された発現変動値を表示させることが可能です。 |
| Q： |
アカウントが切れたらデータは使えないのですか？ |
| A： |
お渡しするアカウントはGneSpring GX Workgroupサーバに接続するために必要なアカウントです。GneSpring GX Workgroupサーバ上のデータは全てローカルにダウンロードすることが可能で、ローカルなデータはアカウント期間に関係なくご利用いただけます。ダウンロードいただいたデータにつきましては、市販の表計算ソフトで取り扱うことも可能です。弊社内のデータ保存期間は、通常3ヶ月とさせていただいております。 |
| Q： |
GneSpring GX Workgroup Viewerでローカルなgenomeファイルを開きたいのですが？ |
| A： |
GneSpring GX Workgroup ViewerはGneSpring GX Workgroupサーバ上のデータを閲覧するためのソフトですので、CDに焼かれたgenomeファイルを閲覧いただくためにはGeneSpring GXが必要です。GeneSpring GXの試用版は15日間ご利用いただけます。 |
| Q： |
Pathway情報とは何ですか？ |
| A： |
 左の図はYeastのmitosis の例です。図内の黄〜赤に色分けされた長方形はそれぞれが1遺伝子に相当し、色はコントロールに対する比較対照での遺伝子発現変動の大きさを表わします。このように特定の細胞活動の流れに関連する遺伝子のみを抽出し、その関係性を示すのがPathway情報です。
さらに図内の特定の遺伝子について、名称やAccession No. などのアノテーション情報や、発現変動比などを表示させることも可能です。 |
| Q： |
GneSpring GX Workgroup Viewerとはどのようなソフトなのですか？ |
| A： |
GeneSpring GXの一部機能が制限されたもので、1)どの遺伝子の 2)どの値を 3)どのように表示するのかを選択するソフトウェアです。1)どの遺伝子を指定するのは"GeneList"、2)どの値を指定するのは"Experiment"、3)どのようにを指定するのは"View"になります。
GeneListには、「アレイに搭載されている全ての遺伝子」や「2倍以上に変動した遺伝子」などのほかにも「oncogene」などのオントロジーによる遺伝子分類をご用意いたします。このGeneListはGneSpring GX Workgroup Viewerで作成できますので、「3倍以上に変動した遺伝子」やお手元にある着目したい遺伝子群のリストをGeneListとして作成いただけます。各GeneListの遺伝子が示した発現変動のデータは、ローカルにダウンロードすることで市販の表計算ソフトで閲覧・解析可能です。
ExperimentはGeneSpringでのみ作成・変更が行えます。GneSpring GX Workgroup Viewerでは変更できませんので、事前にどのサンプルがコントロールとなるのかなど、比較サンプルの組み合わせ方を指定していただきます。
Viewは「Physical Position(染色体上の位置)」「Scatter Prot」など、表示方法を選択いただけます。表示させた図は、全てダウンロード可能ですので、プレゼンテーション資料としてご利用いただけます。依頼書･アプリケーションデータ･取扱説明書 ダウンロードより、取り扱い説明書をお取りいただけます。 |
| Q： |
標準で用意されるオントロジーに基づいた分類にはどのようなものがあるのですか？ |
| A： |
Gene Ontology Consortiumが公開しているオントロジー情報に基づく分類と、Agilent社が独自に作成した分類があります。生物種によって分類の数は異なりますが、ヒトやマウスでは1,000を超えるパターンに分類されています。マウス遺伝子の詳細な分類は依頼書･アプリケーションデータ･取扱説明書 ダウンロードでご参照いただけます。 |
| Q： |
ポリクローナル抗体はありませんか？ |
| A： |
BMRの抗体はすべてマウスハイブリドーマを利用したモノクローナル抗体です。 |
| Q： |
抗体のサブクラスは何ですか？ |
| A： |
個々の抗体により異なります。 |
| Q： |
免疫抗原はリコンビナントタンパク質ですか？ |
| A： |
50-200アミノ酸のリコンビナントタンパク質を抗原としております。 |
| Q： |
抗体の生物種は何ですか？ |
| A： |
BMRの抗体はすべてマウスハイブリドーマを利用したモノクローナル抗体です。 |
| Q： |
抗原の生物種は何ですか？ |
| A： |
ヒトを中心としたラインナップです。 |
| Q： |
今後どのような抗体が発売されますか？ |
| A： |
核内タンパク質を主なターゲットとした抗体作製をすすめております。発売予定など、詳細につきましてはお問い合せください。お問い合せフォーム |
| 4：DNAシーケンス受託解析サービスに関するQ&A |
| Q： |
プライマーの標識は何で行えばよいですか？ |
| A： |
BMRのDNAシーケンスサービスはDye Terminator法ですので、プライマーの標識は不要です。
|
| Q： |
反応とはどのような単位ですか？ |
| A： |
DNAシーケンサ（3730xl,Applied Biosystems）にセットする96穴プレートの1wellに相当します。 |
| Q： |
サンプルの送付は1.5mlチューブでなければ受け取っていただけないのですか？ |
| A： |
A・Bタイプの場合、サンプルと依頼書の名称が照合できれば任意の容器で結構です。96穴プレートタイプの場合には96穴プレートに入れてください。 |
| Q： |
オリゴDNAプライマーの合成だけお願いしたいのですが？ |
| A： |
弊社のプライマー合成はＢタイプのDNAシーケンス解析をご依頼のお客様の場合にのみ承っております。 |
| Q： |
サンプルの送付先は？ |
| A： |
弊社シーケンス事業部までお送り下さい。
〒270-0101 千葉県流山市東深井105
（株）バイオマトリックス研究所 BMR技術開発センター
シーケンス事業部 宛 |
| Q： |
用意するプライマーの推奨条件は？ |
| A： |
次の条件をお勧めします。
・塩基長 ：18base以上
・Tm値 ：45℃以上
・GC含量：30〜80％ (50〜55％が最適)
・同じ塩基(特にGを4つ以上)が連続しないこと
・プライマーが二次構造をとらないこと
・精製グレードは一般的なPCR用で十分です |
| Q： |
100bp以下のPCR産物は解析可能でしょうか？ |
| A： |
全長が200bpに満たない場合にはプラスミドに組込むなど、十分な長さにしてください。BMRのDNAシーケンスサービスはお送りいただいたテンプレートをDye Terminator Cycle Seguencing法によって解析いたしますので、プライマー位置から数十塩基離れた位置から解析できます。 |
| Q： |
テンプレートDNAの精製方法は？ |
| A： |
大腸菌からのプラスミド抽出にはQIAprep Spin Miniprep Kit(QIAGEN)、PCR産物の精製にはWizard SV Gel and PCR Clean-Up System(Promega)など、市販のカラム式精製キットをお勧めします。 |
| Q： |
1回の反応で解析できる長さは？ |
| A： |
サンプルの状態がよければ800塩基程度可能です。 |
| Q： |
96穴プレートタイプでは、どのようなプレートにいれればよいのですか？ |
| A： |
PCR用の96穴プレートでお送り下さい。メーカーは問いません。尚、サンプル間のコンタミネーションを避けるために、ヒートシーラーや8連キャップ等で密閉し、天地無用にて送付してください。
|
| Q： |
何度解析しても結果が出ないのですが？ |
| A： |
DNAシーケンス解析はテンプレートの濃度、精製度、塩基組成の影響を受けます。また、homopolymer、polyA、polyT、繰り返し配列などの特殊な配列の場合は解析ができない場合があります。 |
|
サイトマップ
