GeneChip(R) 3’Expression Array
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遺伝子発現（mRNA）解析用のGeneChip(R)アレイです。 プローブは25merのオリゴヌクレオチドプローブで、1つの目的転写産物に対し11〜20種類のプローブペアがデザインされています。
プローブペアはPerfect match(PM)プローブとMismatch(MM)プローブからなり、PMプローブは目的転写産物の配列に完全に一致する配列であるのに対し、MMプローブはPMプローブの中央の1塩基のみを他の塩基に置換してあります。PMプローブのシグナル強度からMMプローブのシグナルを差し引くことにより、クロスハイブリダイゼーションに由来するシグナルが除かれ、ターゲットの存在量を示す真のシグナルが得られます。
また、PMプローブとMMプローブのハイブリダイゼーションパターンから、発現の有無の判定（present、merginal、absent）も行われます。
※シグナルの例。20種類のPMプロープとMMプロープのペアを用い遺伝子発現解析を行った。
GeneChip(R) 3’Expression Arrayには、真核生物用とFFPEサンプル向け真核生物用、原核生物用があります。
真核生物の遺伝子発現（mRNA）用アレイを用いた解析は、3' IVT Expressキットを利用して解析いたします。この他、FFPEサンプルからの解析も承ります。
3‘ IVT Express キット
3‘ IVT Express キットは、 GeneChip(R) 真核生物用3’ Expression Arrayのターゲット調整を目的とした効率の高い最新キットで、2009年8月末でAffymetrix社からの試薬販売が終了した、1および2-Cycle法に替わるものとして販売されたキットです。3‘ IVT Expressキットは1-Cycle法とのデータ相関も高いものであることがAffymetrix社により示されております。
3‘ IVT Expressキットは、total RNAサンプルに含まれるpoly-A RNAからT7プロモータ配列をもつ2本鎖cDNAの合成を行います。次にcDNAを鋳型とするin vitro転写反応を行い、ビオチン化リボヌクレオチドを取り込ませることで、ビオチンラベルされたcRNAを得ます。
3‘ IVT Expressキットは既存の1-Cycle法とほぼ同様のプロトコルとなっておりますが、�ゝ嫖昭鵡攸任諒儿后↓⊆Уぅ咫璽困砲茲襯咼�チン化cRNAの精製などによりプロトコルが至適化され、一度のリニア増幅により微量サンプルから高効率にてターゲット調整が可能なキットです。
| FFPEサンプル向け 真核生物用 3’Expression Array |
FFPE（ホルマリン固定パラフィン包埋）から抽出されたtotal RNA を用いて、GeneChip(R) 3’Expression Array解析（真核生物のみ）を行います。
FFPE切片または、薄切前の組織からのRNA抽出も承ります(ヒトへの感染性のある場合は、お引受けできません)。レーザーマイクロダイゼクション(LMD)法による特定部位からのRNA抽出についてはお問い合せください。
 FFPEサンプル社内評価実験結果はこちら
原核生物の遺伝子発現（mRNA）用アレイを用いた解析は、poly-A配列が存在しないため、増幅の行程がありません。
オリゴDNA（ランダムヘキサマー）をプライマーとして逆転写反応を行い、2本鎖cDNAを合成します。cDNAを断片化し、末端をビオチン標識します。ビオチン標識されたcDNAはGeneChip(R)アレイにハイブリダイズし、真核生物用のアッセイと同様にフィコエリスリンで染色されます。
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株式会社バイオマトリックス研究所はアフィメトリクス・ジャパン株式会社より認定された受託解析サービスプロバイダです。 |
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