遺伝子発現（mRNA）解析用のGeneChip(R)アレイです。プローブは25merのオリゴヌクレオチドプローブで、転写産物全長からプローブがデザインされています。プローブはPerfect match(PM)プローブのみが搭載されています。
現在使用可能なGeneChip(R) Human Gene 1.0 ST Arrayは、約29,000 の既知遺伝子についてプローブが約26個ずつ設計されており、RefSeqデータベース中に存在する配列の99パーセント以上をカバーしています（GeneChip(R) Mouse Gene 1.0 ST Arrayは、約29,000の既知遺伝子についてプローブが約27個ずつ設計、GeneChip(R) Rat Gene 1.0 ST Arrayは、約26,000の既知遺伝子についてプローブが約26個ずつ設計）。
Gene Array を用いた遺伝子発現解析は、通常の3’Expression Arrayと実験手法が大きく異なります。はじめに、total RNAからランダムプライマーを用いてT7プロモータ配列をもつ2本鎖cDNAの合成を行います。次にcDNAを鋳型とするin vitro転写反応によりcRNAを合成し、さらにcRNAを鋳型とする1本鎖cDNA(ssDNA)を合成し、断片化に続いて末端をビオチン標識します。ビオチン標識されたssDNAはGeneChip(R) Gene Arrayにハイブリダイズし、洗浄後にフィコエリスリンで染色されます。
こちらの図はAffymetrix社の資料より抜粋したものです。
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