GeneChip(R) Mapping／SNP Array |
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ヒトゲノムDNA（SNP）解析用のアレイです。
プローブは25merのオリゴヌクレオチドプローブで、ゲノム配列上の1SNPにつきPerfect match(PM：目的のSNPの配列に完全に一致する配列)プローブとMismatch(MM：PMプローブの中央の1塩基のみを他の塩基に置換)プローブが、sense鎖、antisense鎖それぞれに設計されています（SNPアレイはPMプローブのみ）。SNP位置をずらしたプローブを複数用意することで、正確なタイピングを行います。
Mapping Arrayを用いたアプリケーションとしては、SNPのタイピングだけでなく、Loss of Heterozygosity（LOH）解析やComparative Genomic Hybridization（CGH）解析にも応用できます。
BMRの受託解析サービスはGeneSpring GT（Agilent Technologies社）を用いたAssosiation Study、Linkage Disequilibrium Study（連鎖不平衡解析）にも対応します。
Mapping、SNPアレイを用いた解析は2本鎖DNAを制限酵素で処理後、アダプターを末端に付加してPCRを行います。PCR産物を断片化して末端を標識し、アレイにハイブリダイズさせます。
Mapping 250K ArrayはNspIまたはStyIの1枚のアレイで、250,000個以上のSNPを解析できます。
Mapping 500K SetはNspIとStyIの2枚組みで、500,000個以上のSNPを解析できます。
SNP Array 5.0は500K Setに搭載された全てのSNPに加え、420,000個のコピー数多型等を測定できます。
SNP Array 6.0は906,600個以上のSNPと946,000個以上のコピー数多型等を測定できます。
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株式会社バイオマトリックス研究所はアフィメトリクス・ジャパン株式会社より認定された受託解析サービスプロバイダです。 |
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