GeneChip(R) Mapping／SNP Array受託解析の流れ

1.サンプルを調製してください

●	解析に必要なdsDNAはつぎのとおり

*1）1％アガロースゲル電気泳動にて、10～20kbpに明瞭なバンドが検出され、低分子側にスメアがないことをご確認下さい。確認された電気泳動写真は依頼書に添付してください。

●	ゲノムDNAの抽出には、Affymetrix社が示しているとおり、 i）組織をSDS/Proteinase Kで分解後、フェノール/クロロホルム抽出し、MilliporeのMicroconかCentriconを使って調製するもしくは ii） QIAamp DNA Blood Maxi Kit （QIAGEN(R)）を使用してください。他のKitを用いた場合でも、DNAが変性・分解しないこと、制限酵素やリガーゼ、PCR反応のインヒビターが混入しないことが確認できれば問題ありません。

●	サンプルはDouble Strandでご用意ください。調製時にはReduced EDTA TE Buffer（10mM Tris-HCl, 0.1mM EDTA pH8.0）を用い、酵素反応を阻害する高濃度のhemeやEDTAなどのキレート剤が混入することを避けてください。

●	他のサンプルに由来するゲノムDNAの混入を防いでください。SNPの検出能力の低下を起こします。

●	予めPrimer-extended preamplification法などで増幅したDNAや、通常のAssayに用いない制限酵素で処理したゲノムDNAを送付された場合、正確な結果をお出しできない場合があります。

2.サンプルを送付してください

●	依頼書と電気泳動写真をサンプルに同梱して送付してください。依頼書のダウンロードはこちら

●	土日祝祭日はサンプルの受け取りができませんので、平日の9時から18時に弊社着となりますように、冷凍（ドライアイス同梱）にてお送りください。

●	送付先〒270-0101　千葉県流山市東深井105 株式会社バイオマトリックス研究所 BMR技術開発センター　マイクロアレイ事業部 TEL：04-7178-5118／FAX：04-7178-5119 Eメール：support@biomatrix.co.jp

3.サンプルクオリティチェックを行います

●	修正電気泳動及び、NanoDrop（分光光度計）にて、送付いただいたDNAの品質をチェックします。この時点で基準に満たない場合にはサンプルを再調製・再送付いただく場合があります。

4.合成DNAクオリティチェックを行います

●	3.のクオリティチェックを通過したサンプルを制限酵素で切断し、アダプターを末端に付加してPCRを行います。十分な長さ・量のPCR産物が得られたかどうか、アガロースゲル電気泳動とNanoDrop（分光光度計）によって確認します。

5.アレイによる解析を行います

●	ご指定のGeneChip(R) Mapping／SNP Arrayに標識されたDNAをハイブリダイズさせ、シグナルを検出します。

6.データ解析を行います

●	データ解析については、別途お問い合せください。

7.お返しするデータ

報告書類

・	実験報告書	（PDFおよび印刷物）
・	データマイニングサポートサービス報告書	（PDFおよび印刷物）

データファイル

・	Affymetrix(R)のソフトから出力されるデータ類
	CEL, CHP, DAT, JPGを含む　　　　Affymetrix(R) GeneChip(R) Command Console(R) Software(AGCC)および　　　　Affymetrix(R) Genotyping Console(TM) Software(GTC)から　　　　出力されたGenotypeデータを含むRawデータ。

その他

・	仕様に基づく解析結果	（請負時策定仕様）
	お客様の解析目的に合わせ、請負時に策定しましたサービス仕様にもとづく　　　　解析結果

＊上記はデータマイニングサポートサービスご利用の場合です。
データ納品に利用するメディアはデータ量により異なります。

株式会社バイオマトリックス研究所はアフィメトリクス・ジャパン株式会社より認定された受託解析サービスプロバイダです。