データマイニング例（マウスフレンド白血病細胞の分化誘導） |
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【実験背景】
マウスフレンド白血病細胞に化合物刺激を与えると２〜３日で赤芽球様細胞に分化します。刺激後、経時的にTotal RNAをサンプリングし、マウスゲノムcDNAマイクロアレイにて解析しました。このデータでは以下の刺激化合物による発現変動に着目しています。
【刺激化合物】
1.5% DMSO:Dimethyl Sulfoxide
5 mM HMBA: Hexamethylene bisacetamide
30 nM TSA: TrichostatinA
【サンプリングポイント】
刺激後1、6、12、24、30時間のポイントにおいてサンプリングを行いました。
各サンプリングポイントにおいて、４枚のチップを用いて実験を行っています。
ノーマライゼーションはグローバルノーマライゼーションを適用しました。
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縦軸に発現量、横軸に時間経過をとり、DMSO刺激におけるサンプリングポイントにおける各チップを示しています。反復チップ間でのバラつきが確認できます。
同一サンプルポイントの反復間でバラつきの高い遺伝子は削除し、安定して検出している遺伝子のみで平均値を計算します。 |
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縦軸に発現量、横軸に時間経過をとり、各サンプリングポイントの値は４反復の平均値です。DMSO刺激による大まかな発現変動が確認できます。 |
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左からDMSO、HMBA、TSAによる各刺激について、各サンプリングポイントでの平均値をもとに発現変動を示しました。化合物により全体の遺伝子発現変動パターンに違いが現れています。
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各化合物において２倍以上変動した遺伝子をリストアップし、化合物共通の遺伝子をベン図により絞込みました。
赤：DMSO刺激で2倍以上変動のあったもの
緑：HMBA刺激で2倍以上変動のあったもの
青：TSA刺激で2倍以上変動のあったもの
白：それぞれ共通に2倍以上変動のあったもの170遺伝子
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化合物共通で２倍以上の変動のあった170遺伝子についてクラスター解析（QTクラスタリング法使用）を行いました。
条件：最低クラスター遺伝子数 4個
パターン相似 0.96以上
結果：6個のパターンに分類されました。
サンプリングポイントにおける十分な反復が少ないと多くのばらつきを含んだまま解析することになり、生物学的意味をなさない結果を導いてしまいます。遺伝子の絞り込みが出来なかった場合、改めて周辺知識を統合させ、異なる切り口からの絞り込みを行うことになります。
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＊本ページの画像はGeneSpring GX 7.3.1の画面です。受託サービスでは最新のGeneSpring GX 10をご提供いたします。
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